Fracasado el intento de los genocidas de imponer una autoamnistía por medio de la ley de Pacificación Nacional, promulgada en septiembre del 1983, con el fin de garantizar una transición democrática, el gobierno de Raúl Alfonsín promovió que los militares fueran juzgados por tribunales militares, pero esto fue rechazado por el Consejo Supremo de las tres fuerzas.

Frente a las movilizaciones masivas que reclamaban el juicio y castigo, en 1985 comenzó el juicio a las juntas militares, que tenía un rango sumamente acotado porque solo sometía a proceso a los integrantes de 3 de las juntas militares dejando libres de persecución penal a todos los demás partícipes de la dictadura militar, incluidos los integrantes de la cuarta Junta Militar que no fueron procesados.

El juicio duró hasta el 14 de agosto de 1985 y contó con 833 testigos que relataron la masacre dictatorial. Fueron testigos ex detenidos-desaparecidos, familiares de las víctimas y también personal de las fuerzas de seguridad. La fiscalía, encabezada por Julio César Strassera, basó su accionar en las denuncias recogidas por la Conadep y en la teoría de los dos demonios. Ante la contundencia de las declaraciones testimoniales, que daban cuenta de la crudeza de los genocidas, se acusó por homicidio, secuestro, tortura, robo, allanamiento ilegal y falsedad documental, en el marco de la ejecución de un plan sistemático concebido por la más alta jerarquía militar.

Las condenas fueron otra muestra de la impunidad que comenzó a cocinarse en dictadura y un revés a las expectativas de familiares y sobrevivientes, que no solo salían de un juicio sin conocer el destino de las y los desaparecidos, y sin la totalidad de los responsables del genocidio investigados, sino que además, las condenas fueron irrisorias. Solo Jorge Videla y Emilio Massera fueron condenados a perpetua. Roberto Viola, Armando Lambruschini y Orlando Agosti recibieron penas de 17, 8 y 4 años respectivamente. El colmo de la sordidez de la sentencia fue la absolución de Jorge Anaya y Leopoldo Galtieri.

De los 1.700 genocidas denunciados, solo recibieron condenas 5 de los popes de la dictadura. El fiscal Strassera remitió todas las demás denuncias al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas.

Durante el Juicio a las Juntas no se acusó por genocidio, ni se enjuicio a la totalidad de los responsables. Actuó para limitar el juicio la misma búsqueda de impunidad que se sostiene en la actualidad con juicios que se realizan a cuentagotas y con procesos larguísimos que garantizan la impunidad biológica. Sin embargo, debe destacarse que gracias a las enormes movilizaciones el Poder Judicial tuvo que reconocer la existencia de un plan sistemático de exterminio encarnado por el propio Estado.

El reconocimiento de la existencia de un plan sistemático demuestra a todas luces que el Estado ocultó los archivos de la dictadura para que no se sepa qué pasó con los y las compañeras detenidos-desaparecidos y quiénes fueron los responsables. Alcanzar la pata eclesiástica y civil que fueron pilares fundamentales en el desarrollo del genocidio y que, hoy, reapertura de juicios mediante todavía no fue abordada.

Frente al intento de olvido se impusieron las movilizaciones contra las leyes de obediencia debida y punto final, contra los indultos y contra el 2×1 a los genocidas.

La lucha contra la impunidad sigue vigente en los tribunales y en las calles.